STM32CubeIDEのサポートしている文字コードはUTF-8です。
STM32CubeIDEで作成したソースコードの日本語コメントは正常に表示されますが、他の環境で作ったソースコードを使うときに、日本語が文字化けすることがあります。
その場合はあらかじめソースコードをUTF-8に変換することで日本語を正常に表示することが出来ます。
私の場合は、元の文字コードがSJISだったのでSAKURAエディターでソースを開き、全選択して変換機能を使ってSJIS→UTF-8に変換することで対応しました。